news 2026/8/4 0:08:13

解决 bedtools Segmentation fault (core dumped)

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张小明

前端开发工程师

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解决 bedtools Segmentation fault (core dumped)

背景说明

粉丝的问题如下:

我使用 bedtools 将基因组坐标(bed 文件格式,如 chrX x1:x2)转换为基因组序列内容(fasta 文件格式,如 ‘ACGT…G’)。

bedtools 提取序列的命令格式为:

bedtools getfasta-fiinput_sequences.fa-bedgenomic_coordinates.bed-fooutput_sequences.fa

但在运行时经常遇到 “Segmentation fault (cored dumped)” 错误:

Warning: the indexfileis older than the FASTA file. Segmentation fault(core dumped)

奇怪的是,如果我向输入的 fasta 文件(input_sequences

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