背景说明
粉丝的问题如下:
我使用 bedtools 将基因组坐标(bed 文件格式,如 chrX x1:x2)转换为基因组序列内容(fasta 文件格式,如 ‘ACGT…G’)。
bedtools 提取序列的命令格式为:
bedtools getfasta-fiinput_sequences.fa-bedgenomic_coordinates.bed-fooutput_sequences.fa但在运行时经常遇到 “Segmentation fault (cored dumped)” 错误:
Warning: the indexfileis older than the FASTA file. Segmentation fault(core dumped)奇怪的是,如果我向输入的 fasta 文件(input_sequences