【期刊投稿指南】可接纯生信！npj Genomic Medicine的选题与专题征稿

未确诊病例的下一步，既可能是重读原有数据，也可能是补上 RNA 或蛋白层面的信息。本期并排阅读npj Genomic Medicine的6篇公开论文，比较不同路径究竟补上了哪一类诊断缺口。

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期刊介绍

以上按期刊官网资料整理，核对日期为2026年10月10日；APC以录用时价格为准。

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罕见病多组学诊断与未确诊病例再分析

重点纳入以患者或家系为对象，将既有外显子组、全基因组数据重新解读，或补入RNA、蛋白、结构变异与临床表型信息，进一步评估候选变异、分子诊断或临床管理变化的工作。单纯差异表达、通路富集或新基因关联，不单独计入本期诊断再分析样本。

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检索窗口为2025年4月10日至2026年10月10日。以 ISSN 2056-7944 在 Europe PMC 检索，取回112条已收录记录；按标题、摘要和文章类型排除综述、病例报告、来信、更正及不符合本期定义的记录，得到13篇候选原创论文，再经原文与图源核对，展示6篇代表样本。候选样本不足15篇，不补入无关论文；这不是期刊全量发文统计或官方文章分类。

代表论文研究路径

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01｜RNA与蛋白异常引导外显子组再分析

34例未确诊患者 → 成纤维细胞RNA与蛋白检测 → DROP / PROTRIDER异常识别 → 变异重新排序与诊断

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02｜血液转录组补充已有基因组结果

134例儿科队列 → 全血RNA-seq → 表达、剪接与等位基因表达 → 支持既有诊断或提出候选基因

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03｜PBMC培养与RNA检测流程优化

46例患者及15名父母 → PBMC短期培养 → 无义介导降解抑制 → 剪接核对与变异重新分类

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04｜剪接预测工具接入临床再分析

13种预测工具比较 → 116例已确诊队列验证 → 211个未解决家系 → 家系分离与部分变异RNA验证

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05｜全基因组补查外显子组遗漏

260个未解决家系 → 全基因组变异筛查 → 部分病例长读长 / 光学图谱 → RNA功能评估

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06｜靶向追加RNA检测接向临床管理

3206例临床ES / GS记录 → 131例符合追加检测条件 → 64例完成RNA检测 → 变异重新分类与临床随访

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01｜RNA加蛋白：新增诊断也要拆清来源

从34例未确诊神经发育障碍患者切入，成纤维细胞 RNA-seq 与定量蛋白质组分别通过 DROP、PROTRIDER识别异常，再引导外显子组变异重新排序。最终11例获得诊断，其中5例由新增组学信息引导，6例来自文献与数据库更新。这种组合将分子异常与既有遗传数据重新连接，也提醒我们：整体诊断收益不能全部归功于新增组学。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41525-025-00493-5

02｜全血RNA：支持诊断与发现候选不是同一件事

在134例既往接受基因组测序的儿科患者中，全血 RNA-seq同时检查表达异常、异常剪接与等位基因特异性表达：61例已确诊者中，20例获得支持既有DNA结论的RNA信息；73例未确诊者中，5例出现合理候选基因。这里较有价值的结构是将已确诊与未确诊人群分开评估，而不是把约7%的候选发现率写成新增确诊率；血液中基因表达不足也会限制检测能力。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41525-025-00505-4

03｜PBMC流程：取样与处理方式也是方法的一部分

围绕46例患者与15名父母，短期培养PBMC并设置环己酰亚胺处理，以捕捉可能被无义介导降解清除的异常转录本，再比较RNA-seq与靶向cDNA检测。9例预先存在可疑剪接变异的患者中，6例检出剪接缺陷，7个变异得到重新分类。它把可及组织、培养条件与剪接读数放在同一流程中；全局异常分析虽支持部分发现，却未带来新的诊断，不能省略这一边界。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41525-025-00502-7

04｜剪接预测：算法之后还有家系与RNA证据

先比较13种剪接预测工具，再在116例已确诊罕见病患者中验证工具组合，随后应用于211个未解决的遗传性视网膜病家系。流程结合 SpliceAI、MaxEnt及分支点预测，并接入家系分离分析；部分CDH23变异进一步通过RT-PCR和Sanger测序核对。这里可借鉴的是工具评估—独立验证—临床应用的分层，而非将所有预测剪接异常都写成已证实的致病机制。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41525-025-00500-9

05｜从ES到GS：重点是追补哪一类遗漏

在260个外显子组未解决的智力障碍或发育迟缓家系中，全基因组筛查延伸至非编码变异、结构变异及重复扩增，并在部分病例补入长读长、光学基因组图谱和RNA证据。排除31个理论上可由ES解析的病例后，剩余229个家系中发现17例可能致病变异及7例意义未明变异。因此，原文合计的10.5%不能直接称为明确新增确诊率；测序升级的价值应按变异类别与证据等级分别判断。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41525-025-00521-4

06｜追加RNA检测：把变异分类接到患者管理

从3206例临床ES / GS记录中识别131例符合追加RNA检测条件的病例，最终64例完成检测，27例至少一个变异重新分类，其中23例得到阳性结果。随后取得的14例阳性病例随访中，10例调整临床管理、6例调整治疗。它将剪接证据、分类更新与临床行动接在一起，但42.2%是已完成追加检测者的重新分类比例，并非所有送检患者的新增诊断率；随访收益也仅适用于该14例子集。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41525-026-00571-2

投稿专题建议

仅列截至2026年10月10日核对时仍开放的官方专题，具体以投稿系统为准。以下纯生信判断依据官方范围，不代表录用承诺。

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专题征稿

Artificial Intelligence in Genomic Medicine

征稿范围：聚焦AI、基因组学与临床转化的交叉，覆盖变异优先级排序、通路推断，以及从病理切片、影像、电子病历等临床资料预测基因组改变；也包括通过机器学习整合多组学与多模态数据，并用于罕见病、精准肿瘤学和人群健康。专题强调可解释AI对基因型—表型关系、生物学发现与临床决策可信度的贡献，同时关注计算方法、软件、数据基础设施和共享，以及训练队列偏倚、伦理、监管与医疗系统部署。本期可从未确诊病例自动再分析或致病变异排序切入，不宜仅围绕通用疾病分类任务展开。

截止日期：2026年12月23日

纯生信：明确接收计算方法与软件方向；具体稿件仍须符合期刊标准。

• 适合：提出新的变异排序、表型整合或多组学AI方法，并在具有已知诊断答案的病例数据上评估。
• 需补强：设置独立测试队列、合理基线及数据泄漏检查；说明训练与测试病例、家系和变异知识库的重叠情况。这是本栏目的设计建议。
• 不宜：只更换分类器、只报告内部交叉验证，或将排序准确度直接等同于临床确诊能力。

https://www.nature.com/collections/aechdbiaii

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专题征稿

Diploid Genome and Disease

征稿范围：从二倍体基因组出发，关注只按单个变异分析时可能遗漏的疾病信息，包括外显率差异、表型异质性和未解决的分子诊断。范围覆盖单倍型解析测序、基因组定相、等位基因特异性机制、顺式与反式变异关系、复合杂合、亲本来源效应和印记；同时接收面向临床解读的二倍体分析框架、计算与方法学开发、整合多组学、人群和祖源感知分析，以及T2T组装和泛基因组相关工作。本期可从DNA定相与等位基因表达联用、复合杂合解释或印记异常切入，重点应是二倍体信息如何改变疾病解读。

截止日期：2027年2月7日

纯生信：明确接收计算与方法学开发方向；不等于所有公共数据分析都适配。

• 适合：基因组定相、顺反式判定、等位基因表达整合，或能够改善罕见病变异解读的二倍体计算框架。
• 需补强：用家系、已定相样本或独立数据评估准确性，区分统计定相与实测定相，并验证方法是否真正改变候选解释。这是本栏目的设计建议。
• 不宜：不涉及单倍型或等位基因信息的普通差异表达、泛癌预后模型，或仅以“两条染色体”为概念包装的分析。

https://www.nature.com/collections/bedjehgaia

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文中如有错漏，欢迎联系小编勘误